Принципиально ли при бронировании, что написание Ф.И.О на латинице в паспорте и на банковской карточке разные?

Не принципиально. В данном случае Вы при бронировании указываете ФИО, как в загранпаспорте, а при указании данных о банковской карте (кредике), приводите ФИО, какнаписано на карточке.